使用一个列的数值作为热图的图表,另一个列的颜色作为表示。

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英文:

Plot chart like heat map with values from one column and color from another column

问题

我有以下包含许多行、多个样本和3列的数据集。我需要绘制一个图表,它看起来像一个热图,但它不仅要填充颜色到当前位置,还要填充到前一个位置。

Name    position    category
Sample1    15500    1
Sample1    15800    2
Sample1    16200    2
Sample1    17200    3
Sample1    17400    3
Sample1    17700    3
Sample1    18300    2
Sample1    20010    2
Sample1    22120    1
Sample1    30000    3
Sample2    15880    1
Sample2    16200    1
Sample2    16900    3
Sample2    18200    3
Sample2    18500    2
Sample2    20400    1
Sample2    21300    2
Sample2    24800    3
Sample2    26000    1
Sample2    30000    3

我首先将其转换为一个数据透视表:

import pandas as pd

sample_pivot = sample.pivot_table(columns="position", index="Name", values="category")

然后我使用plotly来绘制这个图表:

import plotly.express as px

fig = px.imshow(sample_pivot)
fig.update_xaxes(range=[1, 35000])
fig.show()

我得到了以下图表:

使用一个列的数值作为热图的图表,另一个列的颜色作为表示。

我需要修改上面的图表,以在位置之间填充颜色,如下所示,颜色填充将追溯到前一个位置并显示在图表上:

Sample 1 :
1-15500 --> 深蓝色
15501-16200 --> 橙红色
16201-17700 --> 黄色
17701-20010 --> 橙红色
20011-22120 --> 深蓝色
22121-30000 --> 黄色

英文:

I have the following dataset with many rows, multiple samples and 3 columns. I need to plot a graph which looks like a heatmap but it should fill the color not just for the position but also till previous position.

Name	position	category
Sample1	15500	1
Sample1	15800	2
Sample1	16200	2
Sample1	17200	3
Sample1	17400	3
Sample1	17700	3
Sample1	18300	2
Sample1	20010	2
Sample1	22120	1
Sample1	30000	3
Sample2	15880	1
Sample2	16200	1
Sample2	16900	3
Sample2	18200	3
Sample2	18500	2
Sample2	20400	1
Sample2	21300	2
Sample2	24800	3
Sample2	26000	1
Sample2	30000	3

I first converted this to a pivot table

import pandas as pd
import numpy as np
import plotly.express as px
import plotly.graph_objects as go
    
sample_pivot=sample.pivot_table(columns="position" , index= "Name", values="category")

Then i used plotly to chart this

fig = px.imshow(sample_pivot)
fig.update_xaxes(range=[1, 35000])
fig.show() 

I got the following chart

使用一个列的数值作为热图的图表,另一个列的颜色作为表示。

I need to modify above chart to fill the color in between the positions like below where the color filling will trace back to previous position and show up on the chart

Sample 1 : 
1-15500 --> Dark blue
15501-16200 --> orange red
16201-17700 --> yellow
17701-20010 --> orange red
20011-22120 --> Dark blue
22121-30000 --> yellow

答案1

得分: 0

一种我考虑用来生成我想要的内容的方法是以100为增量的数字,如100、200、300、400……直到30,000,然后用NaN填充空白,执行外连接以获取所有位置,包括增加的位置,并使用.bfill()方法填充并创建上面的图表。对此或任何更好的方法有什么建议吗?

英文:

One way i was thinking to generate what i wanted to get above is to have numbers in increments of 100 like 100,200,300,400 ... till 30,000 and fill blanks with Nan, perform outer join so that i have all positions including the incremented positions and use .bfill() method to fill and create above graph. Any suggestions on this or any better approach ?

答案2

得分: 0

以下是已翻译的内容:

  • 为了填充从1到下一个已知位置的区域,请插入相应的列

    sample_pivot.insert(0, 1, np.nan)
    
  • 使用 pandas.DataFrame.bfill 来填充缺失/NaN值

    sample_pivot.bfill(axis=1, inplace=True)
    

使用一个列的数值作为热图的图表,另一个列的颜色作为表示。

还请注意,由于在此情况下使用的底层跟踪是 plotly.graph_objects.Heatmap,您可以使用参数 connectgaps,尽管它不会完全符合您的要求,但您可能会对它的功能感兴趣。

英文:

You can do the following :

  • In order to fill the region from 1 to the next known position, insert the corresponding column
    sample_pivot.insert(0, 1, np.nan)
    
  • Fill missing/NaN values using pandas.DataFrame.bfill
    sample_pivot.bfill(axis=1, inplace=True)
    

使用一个列的数值作为热图的图表,另一个列的颜色作为表示。

Note also that since the underlying trace used in this case is a plotly.graph_objects.Heatmap, you could use the parameter connectgaps, although it won't do exactly what you want, it might be interesting for you to see what it does.

huangapple
  • 本文由 发表于 2023年6月19日 05:20:03
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匿名

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