英文:
How can I convert a fsa_nt file to FASTA?
问题
我尝试将从NCBI下载的包含细菌基因组contigs的文件转换为FASta格式，以便进行进一步分析。我尝试使用seqkit进行转换，但不成功。
英文:
Im trying to convert a file downloaded from NCBI containing contigs of a bacterial genome. For further analysis I need to have it in FASta format.
I tried converting via seqkit, but it does not work.
答案1
得分: 1
.fsa_nt 扩展名表示该文件已经处于FASTA格式。NCBI GenBank发布说明 将.fsa_nt 文件描述为"核酸FASTA"。
从NCBI下载的典型文件具有.fsa_nt.gz扩展名。这些文件已经是FASTA格式，以gzip压缩。您可以使用gunzip或zcat来解压缩它们。
例如，在*nix系统中，您可以执行以下操作以下载和解压缩.fsa_nt.gz文件：
curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/wgs_aux/LN/TK/LNTK01/LNTK01.1.fsa_nt.gz | gunzip > LNTK01.1.fasta
英文:
.fsa_nt extension means that the file is already in the FASTA format. NCBI GenBank release notes describe .fsa_nt files as "Nucleotide FASTA".
Typical files downloaded from NCBI have .fsa_nt.gz extension. These files are already in FASTA format, compressed in gzip. You can decompress them with gunzip or zcat.
For example, in *nix system you can do this to download and decompress an .fsa_nt.gz file:
curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/wgs_aux/LN/TK/LNTK01/LNTK01.1.fsa_nt.gz | gunzip > LNTK01.1.fasta
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