英文:
How can I calculate a distance matrix between columns only?
问题
我有10,000个蛋白质作为列，每个都有一个表达值。
我想要计算矩阵如下：
A B C D E F
A
B
C
D
E
F
我该如何在R中实现这个？
英文:
I have 10,000 proteins as columns and each have a expression value.
A B C D E F
Value 0.1 3 4 5 6 10
I would like to calculate the matrix as
A B C D E F
A
B
C
D
E
F
How can I do this in R?
答案1
得分: 2
你可以尝试像下面这样使用 dist 函数：
> x <- c(A = 0.1, B = 3, C = 4, D = 5, E = 6, F = 10)
> as.matrix(dist(x))
A B C D E F
A 0.0 2.9 3.9 4.9 5.9 9.9
B 2.9 0.0 1.0 2.0 3.0 7.0
C 3.9 1.0 0.0 1.0 2.0 6.0
D 4.9 2.0 1.0 0.0 1.0 5.0
E 5.9 3.0 2.0 1.0 0.0 4.0
F 9.9 7.0 6.0 5.0 4.0 0.0
这段代码用于计算数据点之间的欧几里得距离，并将结果存储在一个矩阵中。
英文:
You can try dist like below
> x <- c(A = 0.1, B = 3, C = 4, D = 5, E = 6, F = 10)
> as.matrix(dist(x))
A B C D E F
A 0.0 2.9 3.9 4.9 5.9 9.9
B 2.9 0.0 1.0 2.0 3.0 7.0
C 3.9 1.0 0.0 1.0 2.0 6.0
D 4.9 2.0 1.0 0.0 1.0 5.0
E 5.9 3.0 2.0 1.0 0.0 4.0
F 9.9 7.0 6.0 5.0 4.0 0.0
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